清华从1980年代初就已陆续设立历史学科的硕士、博士点，分布在不同的院、系、所。可以招收历史学各相关领域的博士生、硕士生、本科生（包括外国留学生）。

历史系下设的中国古代史、中国近现代史、世界史、思想文化史等教研室，以及简帛与出土文献研究中心、经学研究中心、中国经济史研究中心、中国近代文化与现代化研究中心、国际汉学研究所、东北亚研究中心、旅游文化与文化遗产研究中心等专门研究机构，都设有历史学博士点，可以招收历史学各领域的博士生、硕士生、本科生（包括外国留学生）。